Родился в Москве в семье Александра Петровича Нилуса. Детство Нилус провел в Москве, приезжая на лето в имение Золотарёво Мценского уезда Орловской губернии. Семья его была малорелигиозна. В 1873 поступил в 1-ю московскую прогимназию, а в 1877 в 3-ю московскую гимназию, которую окончил в 1882. Поступил в Московский университет на юридический факультет. В 1886 Нилус окончил университет и был определен кандидатом на судебные должности Симбирского окружного суда. С 1887 кандидат на судебные должности при прокуроре Эриванского окружного суда, в 1888 назначен помощником мирового судьи Сурмалинского отдела Эриванского суда.
В 1889 уволился со службы и жил в имении в Золотарёве, занимаясь сельским хозяйством и торговлей. Сотрудничал в «Московских ведомостях», автор многих статей в этой газете. В начале 1905 Нилус продал Золотарёво и поступил на службу в канцелярию по делам дворянства Министерства внутренних дел помощником делопроизводителя (в чине губернского секретаря; в 1906 — коллежский секретарь). В 1906 году женился на Е. А. Озеровой. В 1907—1912 жил в Оптиной пустыни. Состоял в монархической организации «Русское собрание».[1]
Нилус известен как один из первых публикаторов Протоколов сионских мудрецов, которые в 1905 году вставил в свою книгу «Великое в малом».
После революции 1917 года Нилуса преследовали советские власти. Его арестовывали и держали по несколько месяцев в заключении в 1924, 1925, 1927, 1928, однако каждый раз выпускали на свободу. В 1923 Нилусы переехали в Пирятин, в 1926 — в Королевец Черниговской губернии, в 1928 — в село Крутец, близ Александрова.
В 2003—2005 вышло полное собрание сочинений Нилуса.
